Vào năm 1642, James được nhận Huân chương Garter[8] và sau đó ông trở thành Công tước xứ York vào ngày 22 tháng 1 năm 1644.[6] Khi xung đột giữa vua cha Charles I và Quốc hội biến thành nội chiến, James đang ở tại Oxford, một thành trì trung thành với Hoàng gia.[9] Khi thành phố đầu hàng sau trận bao vây Oxford năm 1646, các lãnh đạo của Quốc hội ra lệnh giam giữ James tại Cung điện Thánh James.[10] Vào năm 1648, ông bỏ trốn và cải trang đi đến thủ đô Den Haag của Hà Lan.[11] Sau khi Charles I bị phe nổi dậy xử tử vào năm 1649, phe bảo hoàng đưa anh trai của James lên ngôi với vương hiệu Charles II của Anh.[12] Charles II được Quốc hội Scotland và Quốc hội Ireland công nhận và ông lên ngôi vua Scotland tại Scone vào năm 1651. Mặc dù Charles II còn tự xưng làm vua Anh tại Jersey, ông không thể giữ chắc được ngôi vị này và hậu quả là ông phải chạy đi Pháp và sống lưu vong tại đây.[12]